PERBANDINGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION) KONVENSIONAL DENGAN METODE PCR PORTABLE KIT UNTUK DETEKSI WHITE SPOTS SYNDROME VIRUS (WSSV) PADA UDANG VANNAMEI

FITRI, AMALIAH (2019) PERBANDINGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION) KONVENSIONAL DENGAN METODE PCR PORTABLE KIT UNTUK DETEKSI WHITE SPOTS SYNDROME VIRUS (WSSV) PADA UDANG VANNAMEI. Skripsi thesis, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan.

[img]
Preview
Text
I & V.pdf

Download (1MB) | Preview
[img] Text
II - IV.pdf
Restricted to Repository staff only

Download (810kB)

Abstract

Udang vannamei merupakan komoditi yang mendominasi pertambakan dipesisir wilayah Kalimantan Barat. Usaha budidaya tersebut tumbuh pesat dengan resiko penyebaran penyakit yang juga tinggi. Serangan penyakit yang paling umum dan sering ditemukan pada budidaya udang vannamei adalah WSSV ( White spot Syndrome Virus). Identifikasi penyakit virus WSSV di SKIPM Pontianak dilakukan dengan dua metode yang berbeda yaitu metode PCR Konvensional dan Portable Kit PCR. Metode PCR konvensional merupakan salah satu alternatif untuk deteksi penyakit virus yang cukup akurat dan relatif lebih murah, jika dibandingkan dengan metode lain yang sedang berkembang saat ini seperti metode PCR Portable Kit yang proses deteksi lebih singkat karena tidak memerlukan tahap elektroforesis. Melihat dari kelebihan dan kekurangan masing- masing metode tersebut, sehingga menimbulkan alasan untuk mengetahui lebih lanjut tentang presisi dan akurasi sensitivitas dari kedua metode tersebut dalam mendeteksi infeksi virus WSSV pada udang vannamei. Berdasarkan pengamatan dan penelitian terhadap perbandingan metode PCR (Polymerase Chain Reaction) Konvensional dengan Metode PCR Portable Kit untuk deteksi White spot syndrome virus (WSSV) pada udang Vannamei, yang dilaksanakan di Laboratorium SKIPM Pontianak selama enam bulan, rata – rata sampel yang diterima tidak menunjukkan gejala klinis kearah diagnosa terinfeksi virus WSSV. Sehingga diagnosa awal pada gejala klinis sampel uji bersifat sehat dan normal. Namun terdapat beberapa sampel yang tidak menunjukkan gejala klinis terinfeksi virus WSSV pada diagnosa awal, tetapi teridentifikasi positif terinfeksi virus WSSV dalam interpretasi hasil PCR. Data pengamatan hasil interpretasi pemeriksaan PCR disajikan dalam bentuk tabel yang berisi data rekapitulasi pengamatan harian dan grafik data rekapitulasi pengamatan harian. Pengamatan dilakukan pada variabel plasmid kontrol (+) masing – masing kit uji, plasmid DNA sampel dan plasmid DNA virus WSSV dengan indikator hasil pemeriksaan positif, negatif, terdeteksi maupun tidak terdeteksi. Setiap hasil pemeriksaan variabel pengamatan akan diberi nilai pembobotan tertentu, untuk mengetahui presisi dan akurasi sensitivitas dari kedua metode PCR dalam mendeteksi infeksi virus WSSV pada udang vannamei. Hasil prosentase pembobotan PCR Konvensional berada pada angka 95,24%, yang berarti masih terdapat Plasmid DNA sampel atau DNA virus WSSV yang tidak dapat dideteksi oleh metode tersebut. Sedangkan PCR Portable Kit berada pada angka 99,21%, menunjukkan nilai yang sangat baik dari prosentase pembobotannya, karena ketepatan pengujiannya lebih akurat. PCR Konvensional merupakan metode deteksi yang sangat sensitif dan spesifik, gerakan fisik yang berlebihan dapat menyebabkan terputusnya ikatan antar molekul dan DNA sampel mengalami kerusakan. Hal tersebut mengakibatkan terjadinya smear pada pita DNA elektroforesis. PCR Portable Kit dengan teknik spin column menghasilkan asam nukleat DNA dan RNA yang lebih bersih dan berkualitas tinggi. Dengan demikian kemungkinan terjadinya “false negatif” akibat kualitas DNA/RNA yang buruk dapat dihindari. Berdasarkan hasil pembobotan tersebut secara umum dapat disimpulkan bahwa Metode identifikasi virus WSSV dengan PCR Portable Kit (IQ Plus™WSSV) lebih tinggi tingkat keberhasilannya dalam mengidentifikasi keberadaan plasmid DNA sampel, plasmid DNA virus WSSV dan plasmid kontrol positif WSSV dibandingkan dengan metode PCR konvensional (IQ2000 TM – WSSV)

Item Type: Thesis (Skripsi)
Uncontrolled Keywords: deteksi wssv, PCR IQ 2000, PCR Portabel Kit, perbandingan metode, nilai pembobotan
Subjects: S Agriculture > SH Aquaculture. Fisheries. Angling
Divisions: Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan > Prodi Budidaya Perairan
Depositing User: S.IP., MA Dwi Cahyo Prasetyo
Date Deposited: 05 Nov 2020 06:00
Last Modified: 05 Nov 2020 06:00
URI: http://repository.unmuhpnk.ac.id/id/eprint/1147

Actions (login required)

View Item View Item